des tonnes de données

Large integrated data sets can potentially provide a much deeper understanding of both nature and society and open up many new avenues of research. And they are critical for addressing key societal problems — from improving public health and managing natural resources intelligently to designing better cities and coping with climate change.
Un numéro spécial de la revue Science, portant sur le défi de la gestion et de l’accès aux « tonnes de données » qui sont et seront produites dans les années qui viennent, est d’accès libre — ou presque : il suffit de s’enregistrer (gratuitement).

Incidemment la section « Special Issues » semble donner accès à plusieurs numéros passés sur différents thèmes.

Edge – la question de l’année

reflets dans vitrine de boutique souvenirs du Vieux-Montréal164 chercheurs, philosophes, écrivains ou artistes ont acceptés de répondre à la Question de l’année du site Edge WHAT SCIENTIFIC CONCEPT WOULD IMPROVE EVERYBODY’S COGNITIVE TOOLKIT ? (Quel concept scientifique mériterait de faire partie de la boite à outils conceptuelle de M. Toutlemonde ?).

Certaines réponses apportées font la promotion de méthodes scientifiques éprouvées  (Sue Blackmore, Correlation is not a cause, Richard Dawkins, The Double-Blind Control Experiment) ou critiquent l’utilisation faite de certains critères de scientificité (Diane Halpern, A Statistically Significant Difference in Understanding the Scientific Process) alors que d’autres mettent en lumière des processus cognitifs trop souvent ignorés ou méconnus (George Lakoff, Conceptual Metaphor,  Jonah Lehrer, Control Your Spotlight, Frank Wilczek, Hidden Layers, Sam Harris, We are Lost in Thought).

Plusieurs contributions dénoncent un anthropocentrisme nuisible  (Daniel Goleman, Anthropocene Thinking, P. Z. Myers, The Mediocrity Principle, Gary Marcus, Cognitive Humility, Samuel Arbesman, The Copernican Principle) à la survie même de l’espèce. Même s’il est difficile d’imaginer que l’homme puisse un jour se « libérer » de sa nature animale au point de cesser de se sentir subjectivement au cœur de l’histoire, au centre du monde…

activité physique : mauvaise et bonne nouvelles

L’Enquête canadienne sur les mesures de la santé, dans sa version 2007-2009, permettait de mesurer directement (avec un accéléromètre plutôt que par réponse à un questionnaire) la durée et l’intensité de l’activité physique réalisée. Les premiers résultats publiés dans le dernier Rapport sur la santé, remettent les pendules à l’heure, en terme d’activité physique réelle par rapport à celle qu’on déclarait lors des enquêtes par téléphone (ex. ESCC). Ainsi, quelle surprise, les canadiens semblent faire moins d’exercice qu’ils le disaient !

Le résultat de l’ECMS selon lequel 15 % des adultes respectent la recommandation de 150 minutes d’APMV par semaine diffère de façon marquée des données autodéclarées. Selon l’Enquête sur la santé dans les collectivités canadiennes, plus de la moitié des adultes sont au moins « modérément actifs » durant leurs loisirs. (…) Les données d’accélérométrie de l’ECMS montrent que les Canadiens sont moins actifs que ne le laissent supposer les estimations autodéclarées. Compte tenu des nouvelles possibilités qu’offrent ces données, il faudra réexaminer les liens entre l’activité physique et la santé.

Ce qui semble être une mauvaise nouvelle — les canadiens font moins d’exercice qu’ils le prétendaient — pourrait en contenir une bonne : comme les normesétaient essentiellement basées sur des sources autodéclarées, il est probable que les exigences d’intensité et de fréquence pour avoir un impact sur la santé aient été, elles aussi, surestimées.

À l’heure actuelle, la quantité appropriée d’activité physique requise pour en ressentir des bienfaits sur le plan de la santé est fondée sur les données épidémiologiques d’enquêtes par autodéclaration. [source: Rapport sur la santé]

On arrive, enfin, à des exigences qui seront basées sur des faits plutôt que des vues de l’esprit (wishful thinking). Ça deviendra peut-être un peu plus facile de faire bouger le monde ! À noter que le même Rapport sur la santé compte aussi un article sur l’activité physique des enfants et des jeunes, avec des données tirées de la même ECMS.

avancées en sociologie

Posée y il a quelques jours sur ce carnet, j’ai eu l’audace de relancer cette question (Quels ont été les avancées les plus marquantes de la décennie qui s’achève pour la sociologie ?) auprès de sociologues que je connaissais, ou encore ceux qui animent des blogues.

Et j’ai déjà (malgré le temps des fêtes, qui en a sans doute amené plusieurs à s’éloigner de leur clavier-courriel) reçu plusieurs réponses intéressantes ! La plus rapide, et humoristique, venant d’un sociologue professeur à l’UQAM, et co-directeur du Réseau québécois de recherche partenariale, Jean-Marc Fontan. Je me permet de citer ici l’essentiel de sa réponse (les liens hypertextes sont de moi):

Dans Changer de société, refaire de la sociologie, Bruno Latour (2006) annonce une fin de la “société d’hier et de sa sociologie” au profit de la “société de demain et d’une nouvelle sociologie”, latourienne, il va sans dire. Touraine en fait autant dans “Après la Crise” (2010), où il annonce aussi la mort de la société actuelle. Elle serait arrivée à un point d’aboutissement; prête à être renouvelée par une renaissance de la question sociale, libérée des contraintes… bien évidemment économiques… Plus prêt de nous Jacques Hamel (Woody Allen, au secours de la sociologie, 2010) en fait autant en se questionnant sur la décadence actuelle de la sociologie et son incapacité de réaliser sa pleine potentialité…

Alors, de façon contre productive nous pourrions dire qu’une des révélations des dix dernières années serait l’annonce de la mort de la société (après la fin de l’histoire !) et celle de l’entrée de la sociologie dans une zone de grande perturbation, pour ne pas dire une crise aigüe de confiance…

À contrario, il n’y a jamais eu autant de sociologues que maintenant, autant de diploméEs de sociologie que maintenant, autant de livres, articles, publications produites par des sociologues que maintenant…

Un autre professeur de socio, à l’Université d’Ottawa cette fois, Maurice Lévesque, directeur du département de sociologie, m’aura orienté vers des auteurs et une branche de la sociologie que je connaissais peu : sociologie des réseaux, avec Harrison White Lire la suite

indices de bien-être

J’ai poursuivi mon exploration du site et du rapport des « Comptes nationaux du bien-être » développés par le National Economic Foundation (NEF) à partir des données de l’enquête sociale européenne de 2006-2007. C’est un site en anglais, mais la compréhension en est assez simple… et vous trouverez ici une présentation assez complète par une blogueuse française.

Une particularité des résultats affichés : alors que les pays scandinaves se situent en haut de l’échèle sur à peu près tous les indicateurs de bien-être social et personnel, ils se montrent les derniers de classe pour l’indicateur de l’estime de soi ! Devrait-on y voir une relation de cause à effet ? En tout cas ça m’a rappelé (avec un petit grincement de dent) toute l’importance qu’on donnait (qu’on donne encore ?) à cette estime de soi, dans le soutien à la réussite scolaire…

Par ailleurs, le rapport de la NEF cite les travaux, toujours en cours, soutenus par l’OCDE, pour Mesurer le progrès des sociétés, où j’ai remarqué deux partenaires canadiens, dont le projet Indice canadien du mieux-être, dirigé par Roy Romanow, qui a déjà produit une série d’indicateurs et de rapports (dont des résumés en français) sur les dimensions du mieux être : participation démocratique; dynamisme communautaire; éducation; population en santé; loisirs, culture et aménagement du temps; niveaux de vie; un autre rapport sur l’environnement est à venir. Ces rapports sont récents (2009-2010). L’autre partenaire canadien associé à ce projet international de l’OCDE est l’Institut international pour le développement durable.

Le même rapport de la NEF sur les National Accounts of Well-being citait comme une des sources de ses travaux un ensemble de synthèses de recherches réalisées récemment : le Foresight Mental Capital and Wellbeing Project. On trouve sur le site de ce projet un semble impressionnant de rapports sur des questions précises liées au bien-être et au « mental capital ». Je n’en ferai pas ici l’énumération, mais juste pour vous donner une idée : en plus des différents chapitres du rapport final, j’ai compté 89 rapports scientifiques différents, portants sur des sujets aussi précis que:

de modes et de chromosomes

Il n’y a pas de « copyrights » dans l’industrie de la mode… et cela ne l’empêche pas de prospérer ! On pourrait même penser que d’autres industries pourraient, devraient s’en inspirer ! Il y a une protection des marques de commerce, mais pas des modèles ou des coupes.

Cette petite conférence (16 minutes) de Johanna Blakley (Lessons from fashion’s free culture) est éloquente.

De la même source, la conférence donnée par Craig Venter annonçant la création d’une première bactérie synthétique (composée à partie de matériels génétiques synthétiques). À la fin de sa conférence (18 minutes) il laisse entendre que sa compagnie travaille avec Exxon sur la création d’algues qui pourraient capturer les dioxydes de carbones pour en faire de nouveaux combustibles…

de grandes questions

La Fondation Templeton pose de grandes questions à de grands esprits. La dernière en date : Does moral action depend on reasoning? (Est-ce que l’action morale dépend de la capacité de raisonner ?). On peu lire sur le site les réponses apportées par 13 professeurs, chercheurs… dont celle d’Antonio Damasio (Yes and no), et celle de Jonah Lehrer (Not so much). Parmi les autres grandes questions soulevées au cours des ans :

De court textes, une ou deux pages…

Encyclopédies et références

Sage publications donne un accès libre jusqu’au 15 mai à ses ouvrages de référence et encyclopédies de toutes sortes…

Je ne crois pas que vous ayez à vous inscrire, puisqu’on m’a donné un nom d’usager et mot de passe générique:
Username: freetrial
Password: onlinereference

À utiliser en se rendant à http://sage-ereference.com/

La section « Sociology », comprend des dizaines d’encyclopédies et de « handbooks »… dont celui-ci, publié en 2005,  The Handbook of Community Practice… Faites-moi part de vos découvertes, si vous y allez faire un tour !

Tamiflu et l'accès aux données de recherche

Complications: tracking down the data on oseltamivir. Cet article (en accès libre) de la revue British Medical Journal raconte dans le détail les difficultés à obtenir des réponses de la part de la pharmaceutique Roche, à propos d’un ensemble de recherches supposées confirmer la pertinence et l’efficacité du Tamiflu (oseltamivir, de son nom générique) pour diminuer les complications de l’influenza. Chose inhabituelle, même l’éditorial est en accès libre, dans ce numéro. Il appelle à rendre les données publiques : Why don’t we have all the evidence on oseltamivir? The full data from drug trials must be available for scrutiny by the scientific community.

Although billions have been spent on oseltamivir in the face of pandemic influenza, the team updating the Cochrane review of neuraminidase inhibitors in healthy adults found that the public evidence base for this global public health drug was fragmented and inconsistent.

L’article faisant état de l’évaluation systématique par méta-analyse est lui aussi en accès libre : Neuraminidase inhibitors for preventing and treating influenza in healthy adults: systematic review and meta-analysis. Ces articles sont parus dans le numéro du 12 décembre du BMJ.

La démarche menée par les chercheurs et journalistes du BMJ (et aussi d’un canal de télévision britannique) ont amené la publication (partielle) des résultats de la part de Roche : http://roche-trials.com/

Kuhn VS Popper : qui dit vrai ?

Le débat entourant la science (les sciences devrais-je dire) climatique, qui connaissait un sursaut suite aux allégations de tromperies (voir billet précédent) et de falsifications de données, amène inévitablement des références à Thomas Kuhn et sa Structure des révolutions scientifiques. Ce qui m’a rappelé l’achat récent d’un livre intitulé Kuhn vs. Popper: The Struggle for the Soul of Science, par Steve Fuller. Une lecture commencée mais non (encore) finie… Heureusement que d’autres ont été plus déterminés, au point d’en faire un résumé bien appuyé (ici un article tiré du Canadian Journal of Sociology Online).

Ma lecture, même partielle, a eu le mérite de me faire douter des références à Kuhn (et à sa Structure des révolutions scientifiques) qui donnent parfois l’impression qu’il suffit de prendre le parti des nouveaux paradigmes, des dominés… pour avoir raison ! Resitués dans leurs contextes socio-politiques, ces deux philosophes des sciences qu’on a longtemps caricaturés comme le bon et le méchant (le premier étant Kuhn), peuvent ainsi voir leurs rôles inversés !

Mais dans le cas des changements climatiques, si l’appel à un nouveau paradigme n’est pas suffisant… comment la réfutabilité (ce qu’on nomme souvent – à tort – la falsifiabilité) peut-elle s’appliquer ? Nous ne sommes pas dans un laboratoire, et il n’y a pas de « seconde chance »… il faudra donc avancer sur la base de connaissances approximatives et de convictions qui, à la différence des connaissances intellectuelles, démontrables, réfutables… mobilisent l’ensemble des savoirs et intuitions. Convictions, croyances, engagements, il y a un temps pour la discussion et la réflexion, et un temps pour l’action. Même quand toutes les données ne sont pas computées, ni les tendances concordantes… il faut parfois agir. C’est pour cela que nous élisons des hommes et des femmes qui ne sont pas d’abord des scientifiques, mais plutôt des décideurs et des mobilisateurs.

Voir le site officiel de la Conférence de Copenhague; Site de l’ONU sur la Conférence de Copenhague; Copenhague 2009; la page de Wikipédia sur la Conférence.

simulations du cerveau

144 teraoctets de mémoire, 147 000 processeurs… les ensembles de connexions prétendant simuler la complexité neuronale deviennent géants ! Mais ils ne sont pas plus convaincants. Comme le dit Lehrer:

the talents of our mind are inseparable from the evolved quirks of its machinery, which suggests that simply crossing some arbitrary computational threshold – such as simulating 1.6 billion ersatz « neurons » – doesn’t mean very much if those simulations aren’t rooted in biological reality. A neuron isn’t just another electrical switch; our cells are much more interesting than that. (…) [w]e sometimes forget that the « mind is like a computer » metaphor is only a metaphor. The mind is really just a piece of meat.

La simulation du cerveau par un ordinateur me semble aussi improbable que la simulation de la vie : les seules choses qu’on réussit à simuler sont des caricatures de vie (ou de fonctionnement neuronal) parce que la « programmation » de la vie (et du cerveau) ont été faites par un horloger aveugle.

blagues de sciences

Des blagues pour scientifiques, mais aussi pour tout le monde… Un virus entre dans un bar… le barman lui dit : On ne sert pas les virus ici. Le virus prend sa place et dit : Maintenant, oui !
Et quelques autres comme ça ! En anglais, malheureusement…

Une référence du blogue Effect Measure sur Scienceblogs.

la journée de l'accès libre (Open Access Day)

Aujourd’hui nous ne célébrons pas seulement la fin de la campagne électorale fédérale mais bien la première journée internationale de l’accès libre (Open Access Day).

Pour un accès libre à l’information, à la science. C’est aussi (et c’est la raison justifiant le choix de ce jour, je crois) le 5e anniversaire de PLOS, le Public Librairy of Science. Depuis 5 ans beaucoup de choses se sont passées sur le « front » de l’accès libre, en plus de la multiplication des revues libres soutenues par le PLOS : des facultés d’importantes Universités (Harvard, Stanford en 2008) ont adopté des politiques de publication ouverte (accessibles gratuitement) des travaux de leurs professeurs; en octobre 2003, il y a 5 ans, le MITOPENCOURSE ouvrait officiellement ses portes avec 500 cours…

Le DOAJ (répertoire des revues d’accès libre) recensait, en décembre dernier, 3000 revues scientifiques en Open Access. Les coûts d’abonnement aux revues scientifiques ont connu une augmentation vertigineuse.

Quelques titres intéressants : The Canadian Political Science Review, The Canadian Journal of Sociology, Advances in Social Work, Biomedcentral Public Health, Emerging Themes in Epidemiology, The First Monday, Pratiques et organisation des soins

Billet inspiré d’une petite annonce sur affordance.info

blogs universitaires

La communauté scientifique universitaire serait-elle en train de changer d’avis sur les blogs ? Un sujet sur lequel Nicolas Carr m’avait presque convaincu… Ici c’est Olivier Ertzscheid qui, dans son excellent Affordance, fait le tour « en vrac » de la blogosphère universitaire :

  • Intute publie une série de 4 billets consacrés à la blogosphère scientifique (1, 2, 3, 4). Une petite mine qui pointe vers plein de ressources dont j’extrais ci-dessous quelques pépites.
  • Dans le billet sur l’état de la blogosphère scientifique au Royaume-Uni, il rappelle l’existence de l’excellent CrookedTimber, à ma connaissance le seul blog qui rassemble des chercheurs de différents pays et de différentes spécialités autour de thématiques en sciences humaines et sociales. Côté blogosphère institutionnelle, Intute signale l’existence de l’initiative du JISC qui met à disposition des blogs (sous wordpress) et des Wikis (sous mediawiki), ainsi que l’impressionnante communauté de l’université de Warwick, cf ci-dessous
  • Je m’attarde donc sur le portail blog de l’université de Warwick, à mon avis un modèle du genre. Quantitativement tout d’abord : 5616 blogs hébergés. (suite sur Affordance)

Mais ici, la blogosphère universitaire fait référence autant à celle des étudiants que des professeurs. Alors que ma critique (et le billet de Carr) s’adressaient d’abord aux profs.

Je crois que les choses changent, que le phénomène des blogues se diversifie et que des revues très sérieuses (Nature) ont leurs blogues… ou leurs podcast (Science).