côlonoscopie et « deep learning »

Comme beaucoup de personnes de mon âge, j’ai dû passer récemment une côlonoscopie, ce qui impliquait de me préparer pour l’examen en « flushant » tout le contenu de mon système digestif pour que le spécialiste puisse bien examiner les parois du côlon afin de réséquer des polypes qui s’y seraient développés et identifier d’éventuelles manifestations cancéreuses.

Quelques minutes après l’examen, lorsque l’infirmière m’a informé qu’il me faudrait reprendre l’exercice dans quelques semaines pour cause de « mauvaise préparation », je me suis demandé quel effet cela faisait sur la « flore intestinale » de reprendre à court terme un tel lavage. J’ai dû faire mes recherche par moi-même car il semble que mon spécialiste de médecin n’a pas de temps à perdre à parler à ses patients.

REVUE-MICROBIOTE-10_1_frJe me suis tout d’abord aperçu qu’on ne parle plus de « flore intestinale » mais bien de microbiote, et que les recherches ont beaucoup progressé ces dernières années. Il y a même une revue française La revue des microbiotes que l’on peut consulter gratuitement, à condition de s’inscrire. Le dossier thématique du dernier numéro (Mars 2019) porte sur la question sur toutes les lèvres ces temps-ci : la transplantation de microbiote fécal. Le dossier thématique de mars 2018 : microbiote intestinal et traitement du cancer.

En 2014 l’ Institut national de la recherche agronomique (INRA) de France reconstituait 238 génomes de bactéries intestinales. Quelques 75 % de ces génomes bactériens intestinaux étaient encore inconnus. Les études à venir sur ce sujet seront maintenant mieux guidées, car ce métagénome (voir la métagénomique ) contient plus de 3 millions de gènes, soit 120 fois plus que le génome humain. Les analyses statistiques de ces communautés intestinales seront dorénavant beaucoup plus précises. [Microbiote intestinal humain – Wikipedia]

Combinant les avancées du séquençage à haut débit et du big data, la métagénomique a bouleversé notre vision du monde microscopique en dévoilant l’incroyable biodiversité des écosystèmes microbiens, qu’ils résident dans les fonds marins, sous terre ou dans nos intestins… [La révolution métagénomique]

Je me demande si toute cette complexité interne à chaque intestin (millions de gènes, milliards de bactéries, et autres microbes) et ces milliers d’examens passés chaque année (pour le Québec seulement) ne rassemblent pas une masse d’information propice au « deep learning », cet « apprentissage profond » réalisé de manière plus ou moins autonome par des ordinateurs. Il semble que la bio-informatique soit en effet un champ d’application de ces nouvelles technologies.

Et c’est ce que laisse entendre cet article récent (vendredi dernier). On y prône l’utilisation de l’information comprise dans le microbiote intestinal pour prévenir, dépister et soigner le cancer du colon. Les nouvelles technologies rendent cette stratégie praticable. Voir l’article (accessible à tous) dans la revue Science : The gut microbiota and colon cancer : microbiome data should be incorporated into the prevention, diagnosis and treatment of colon cancer.

 

adieu camarade

lievreJe viens d’apprendre le décès de  Jacques Fournier, cet infatigable motivateur, écrivain et poète, avec qui j’ai eu le plaisir de diriger le bulletin des organisateurs communautaires “Interaction communautaire” pendant une vingtaine d’années. C’est un choc, je n’en reviens tout simplement pas.

Sa Chronique du Lièvre aura éclairé et réjoui par son humour le réseau des organisateurs pendant des décennies. Depuis qu’il était à la retraite il s’était engagé (entre autre) à l’AQDR pour coordonner la publication de différents bulletins informant sur les droits des retraités. Son dernier message, reçu le 31 octobre, annonçait le dernier AQDR Express, numéro 112. Il écrivait aussi régulièrement dans L’Aut’journal.

On peut encore retrouver plusieurs de ses chroniques et articles des dernières années sur son blogue www.chronijacques.qc.ca

Mes plus sincères condoléances vont à Hélène, sa conjointe, à ses filles et gendres, et ses petits enfants qu’il chérissait.

Nous garderons le souvenir d’un homme dévoué, d’une probité exemplaire.

quelques pas dans les Laurentides

Je pense à deux ou trois journées de marche… [après la bibliothèque, avant les portes & fenêtres]

De St-Jérôme à Prévost (après m’y être rendu en métro-bus). 13 km pour se dégourdir.

De Prévost à Val-David, 25 km en 5h et demi. Aller voir les Jardins du précambrien.

Et pour le retour, 34 km en passant par Morin-Heights : 4,9 km/h pendant 7 heures. Les arrêts ne seront pas très longs et le pas soutenu.

silence conjoncturel

Un mois déjà depuis le dernier billet… Ce n’est pas que l’actualité manque de piquant ou que je me suis désintéressé des sujets de prédilection de ce carnet mais bien que des engagements ailleurs et certaines contraintes matérielles m’ont éloigné du clavier.

Je me suis engagé, sans trop mesurer l’ampleur de la tâche, à réaliser des photos et de courtes entrevues auprès des personnes habitant une résidence que j’ai contribué à mettre sur pied il y a dix ans. Pour le dixième anniversaire, j’ai proposé de faire un album photos où l’on dirait quelques mots sur le parcours de vie des gens. Ces quelques mots sont devenus quelques 75 pages de transcription d’entrevues… qui ont duré en moyenne 56 minutes !

Nous voulions lancer cet album lors de l’assemblée générale prévue fin juin… Ce ne sera probablement qu’un diaporama, à cette date. Mais je ne perds pas espoir de donner une forme papier plus définitive à cette démarche.

Mais ce projet n’explique pas à lui seul le long silence de mai. Je suis à faire des travaux préparatoire à mon déménagement : transformer un garage (35′ X 10′) en bibliothèque-salle-télé. Gros travaux… Mais ça sera bien. La porte de garage remplacée par des portes-fenêtres donnant sur le jardin… Cela devrait inspirer les prochains mois, que dis-je, les prochaines années d’écriture et de réflexion sur Gilles en vrac… 

<Ajout-14 juillet> Voici quelques photos de cette transformation presque achevée

en passant

En passant : C’est le nom donné au format particulier de ce billet (il en existe 7-8, comme Discussion, Image, Citation, État, Vidéo, et Par défaut).

bonoboEn passant,  je lis Le bonobo, Dieu et nous – à la recherche de l’humanisme chez les primates, de Frans De Waal, tout en poursuivant ma lecture du Capital au XXIe siècle. C’est plus léger, dans tous les sens du mot.

Et je vais regarder le Super Bowl avec mes petits enfants…

Et je vais commencer la semaine prochaine un projet de photos à la Maison des aînés… où j’espère amener à participer un maximum de résidentes à l’occasion du 10e anniversaire de la Maison.

 

Finalement, en passant, dimanche prochain sera le douzième anniversaire de ce carnet : le 9 février 2002 je publiais un premier billet sur ce carnet. Douze ans, c’est pas de la tarte !

premiers constats 2014

  • Premier constat : Un robinet qui goutte, dans un évier situé contre un mur extérieur, risque de bloquer le renvoi par le gel cumulatif des gouttes, l’une après l’autre, lors de périodes de grand froid.
  • Deuxième constat : Une toux grasse qui ne s’arrête pas peut être le signe d’une BPCO ou MPOC au Québec — maladie particulièrement fréquente chez les fumeurs de longue date.
  • Troisième : C’est finalement bien simple de relier mon ordinateur (Mac) à ma télé (AppleTV).  Il faut qu’ils soient sur le même réseau. J’avais mon ordi sur un réseau, et la télé sur le réseau des visiteurs — je me souvenais plus du mot de passe du réseau principal ! Avec un tel lien, ma télé peut devenir mon écran, alors que je tape ou fait défiler des images (ou des URL) sur le clavier de mon ordinateur portable.
  • Quatrièmement, les projets de 2014 seront moins encadrés ou orientés par des engagements organisationnels, mais plutôt par des choix éthiques et des questionnements personnels. C’est le côté “en vrac” à ce blogue. En même temps, cela donne des contributions plus indépendantes à l’endroit des courants d’idées et de discours (parfois très forts) de l’actualité. Ce qui ne veut pas dire que je sois insensible aux questions telles la corruption des processus publics, l’identité culturelle et nationale ou la neutralité de l’État. Mais j’essaie de faire des liens, de lester ma réflexion d’expériences concrètes ou encore de questionner l’actualité à partir de considérations à long terme, ou englobantes qui me semblent essentielles mais ne sont pas le propre de la culture dominante marquée par l’instantané et le court (140 caractères, spot de 15 sec.).

Nunavut, Nunavik

J’ai souvent confondu l’un pour l’autre. Je ne savais même pas que la partie ouest du territoire Inuit [le territoire Innu est celui des anciens Montagnais-Nascapis] s’appelait Inuvialuit. Nunavik, c’est le nom de la partie québécoise de ce grand territoire. Situé plus au sud (10° ou 5?) que le Nunavut, il s’étend sur un territoire 4 à 5 fois plus petit. Le Nunavik semble plus densément peuplé. Y a-t-il une différence importante entre les administrations publiques de l’un et l’autre territoire (celle de Kativik) ? Des particularités québécoises, liées à certains traités, conventions, ou à l’histoire et la culture de cette région ? L’été qui vient pourrait bien être celui où je visiterai le pays Inuit pour la première fois. Un article récent dans Le devoir  : Tourisme Grand Nord – Terre et mer, du Groënland au Nunavut

Près d’Ilulissat, au Groenland, ce “bras de mer de 56 kilomètres est chargé d’icebergs qui se sont détachés du glacier le plus productif de l’hémisphère nord (il avance de sept kilomètres par année et 20 millions de tonnes de glace s’y détachent chaque jour !)”.

Un glacier qui produit 20 MT de glace par jour, c’est tout un “climatiseur”. Cette “machine à glace” risque-t-elle de s’arrêter de fonctionner, un beau jour, dans la cascade des effets du réchauffement climatique ?